Regresa al centro de investigación para desarrollar el mutágeno que inventó el malicioso Shredder. Este monstruo, creado por un laboratorio, está protegido por varios robots que destruyen a cualquiera que se sienta atraído por los mutágenos. Coge una de las leyendas y entra e intenta recoger todo el material que acabas de encontrar. Recorre los largos pasillos y la espaciosa sala, esquivando tragos y recogiendo pizza para llenarse de prosperidad. Busca una sustancia y observa el tiempo en el que realmente quieres completar la misión. En Collect and Conquer eliges tu tortuga ninja número uno Teenage Mutant Ninja Turtle. Antes de que el reloj llegue a cero, recoge todos los mutágenos y ejecuta un kraang que interfiere contigo.