En un mundo distante, estalló un conflicto entre las dos sociedades alienígenas. Tú en el juego Clash Of Aliens vas junto con uno de ellos y ordenarás a los militares. Tu armada debe unirse a la batalla contra el grupo de barcos enemigos. Verás tu transporte principal frente a ti en la pantalla. Debajo estará el tablero. Con él enviarás a tus pilotos a luchar en sus barcos. Ellos, si atacan al oponente, los destruirán y para eso te darán focos.